Pečeť
Na otázku, kdy Strakonice získaly právo pečeti, nelze najít jednoznačnou odpověď. Ferdinand I. na přímluvu velkopřevora Jana z Vartenberka (1534 – 1542) udělil městu privilegium, v němž je uvedeno následovně: „ Také týmž obyvatelům v štědrosti naší královské tuto zvláštní milost činiti ráčíme, aby touž pečetí, kteréž jsou od starodávna užívání byli, ve všech a všelijakých potřebách obecních červeným voskem početiti mohli a moc jměli…“ Výše uvedená skutečnost svědčí o tom, že Strakonice užívaly městskou pečeť již dříve. Je zřejmé, že první povolení vzešlo z privilegia velkopřevora Jana z Rožmberka (1511 – 1532). Za jeho působení totiž došlo k potvrzení a výraznému rozšíření stávajících městských výsad. V souvislosti s upevněním městské správy je více než pravděpodobné, že právo pečetit městské písemnosti mohlo být uděleno  kolem roku 1526.

Znak
Znak byl městu udělen asi roku 1525, a to se symboly johanitů, jimž Strakonice po Bavorech náležely. Na modrém štítě je stříbrná kvádrová hradební zeď se dvěma klíčovými střílnami po každé straně. Uprostřed vystupuje brána a nad ní je cimbuří. I po stranách brány je cimbuří o čtyřech stínkách. V otevřené bráně je vytažená zlatá mříž. Nad branou stojí rovněž stříbrná věž se dvojím cimbuřím a dvěma okny nad sebou, ukončena nahoře červenou valbovou střechou se zlatými makovicemi. Po stranách věže nad hradbou jsou štítky se zlatými šňůrami. Vpravo je na červeném štítku stříbrný kříž, vlevo je na rovněž červeném štítku stříbrná Landštejnská růže se zlatým středem a zelenými lístky kališními. Tato růže je zde umístěna buď omylem nebo z výtvarných důvodů, ač žádný z pánů z Landštejna nebyl nikdy v čele johanitského řádu, kde naopak byli páni z Rožmberka, a to právě v době vzniku znaku. Nezachovaly se žádné staré malby znaku, ale pokud máme nějaké doklady barev, udává se důsledně právě stříbrná růže na červeném štítku. I když tedy vlastně co do původu nesprávně, přece však odedávna náleží tato Landštejnská růže do strakonického znaku.
 

Vlajka

Právo užívat prapor bylo městu uděleno v roce 1992. Prapor odráží historickou roli rodu Bavorů, který vládl městu a panství minimálně od roku 1235 do roku 1402, a řádu johanitů (od 16. století řádu maltézských rytířů), již byli s městem spjati od roku 1402 až do roku 1925.

List praporu tvoří pokosem dělený list s horním červeným polem s bílým maltézským křížem a dolním žlutým polem s kosmo položenou střelou z historické městské pečeti. Poměr délky k šířce je 3:2. Šipka vždy směřuje k žerdi, žlutá barva je vždy dole.