První zmínky o obci Nišovice jsou datovány kolem roku 1400. V té době obec patřila do vlastnictví Svatovítské kapitule. Lze předpokládat, že vlastnictví obce se vyvíjelo obdobně jako u nedalekého městečka Volyně a okolních obcích. Vyjdeme-li z tohoto předpokladu, pak tedy až do poloviny 14. století byl zdejší prostor střídavě v držení české královny nebo církve. Od poloviny 14. století až do doby císařství Josefa II. je obec v církevní držbě.

Hospodářsky si obyvatelé Nišovic vedli vždy velmi zdatně, o čemž svědčí neobvykle velká raně industriální výstavba - několik mlýnů, pila, cihelna, povoznictví... A to vše skloubeno s tradičně citlivým přístupem k prvkům lidové venkovské architektury, z níž se nám do dnešních dnů dochovala řada barokních štítů. O potenciálu obce svědčí i její značné zalidnění, vždyť ještě v roce 1900 měla obec 461 obyvatel a dalších několik desítek lidí mělo k obci své domovské právo.

Samostatnost obce končí v roce 1974, kdy byla začleněna do správy města Volyně. V roce 1991 se obec na základě referenda opět osamostatňuje.

V obci se nachází kaplička.